Wolfgang Müller a occupé plusieurs postes au sein de la Commission européenne à Bruxelles. Il a passé sa carrière à la direction générale du commerce, où il traitait de tous les aspects des recours commerciaux (instruments antidumping, antisubventions et de sauvegarde). Dans le cadre de ses dernières fonctions, il était directeur adjoint et responsable de l'unité en charge de la politique générale, des relations avec l'OMC et des relations avec l'industrie dans le domaine de la défense commerciale.
Avant de travailler pour la Commission européenne, il a occupé divers postes dans l'industrie automobile allemande.
Wolfgang Müller est licencié de la faculté de droit de l'université de Fribourg et titulaire d'un doctorat de l'université de Constance. Il est également chercheur associé à l'Université Côte d'Azur à Nice (Laboratoire de Droit International et Européen).
Il a publié de nombreux ouvrages sur les recours commerciaux de l'UE et de l'OMC.